如果做好的曲奇在未来几天就预计会吃完，那可以室温保存；如果是在未来几周的话，就要用冰箱保存;而如果用冷冻库保存的话则可以保存长达数月。而有些曲奇(有糖霜的为多)在制作好了之后需要冷却好才能放入冰柜。
要记住，曲奇要完全冷却后才能放入冰柜保存。如果曲奇在还有余温的时候就放入密封容器中，曲奇会放出热量，产生冷凝水，这样曲奇会变得湿软了。又薄又脆的曲奇更适宜用密封容器保存。如果发现你的薄脆曲奇有点湿软，可以把它们放到烤盘上，以121℃烤焙5-7分钟，这样可以让其重拾脆感。而先把曲奇冻硬，然后解冻，同样可以得到同样的效果。
湿软的曲奇也可以用密封容器保存。要使它们保持湿软有咬劲，可以往密封容器里面放入一片面包，或者一片苹果(用苹果则需要每天更换一次)。我们也可以用微波炉让发硬的曲奇变得柔软，只要垫上厨房纸巾，以高火加热15-20秒即可。
至于冷藏的曲奇，则需要单层保存，或者在每层之间垫上蜡纸保存。如果曲奇的形状比较多样或者是冷轧饼干的话，也是同样方法保存。曲奇棒则很容易保存了，只要在烤焙完成后在烤盘上盖上一层铝纸或保鲜膜即可。当然，也可以把曲奇棒转移到容器或碟子上，同样的用铝纸或保鲜膜包好即可。
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